なにか助言を頂ける事前提で、大変心苦しいのですが、とりあえず時系列で毒サーバーに起こった事を並べます。

1.9/18、サーバーが不安定だったので、管理会社に連絡。中国からの攻撃だと判明したのでFWで攻撃元IPを制限。数時間で安定。
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2.昨日早朝、毒サーバーの反応が悪いことを確認
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3.何度かアクセスしてるとサイトにも繋がる。SSHもFTPも同様。
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4.サーバーを管理している会社に連絡
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5.調査の結果、様々な国から攻撃を受けていると判明（キャッシュポイズニングと説明）
同時にnamed.confの設定を見直して、キャッシュサーバーを落とすように提案を受ける。
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6.わからないなりに色々と調べて、named.confのoptionsに recursion no を追記
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7.調査＆対処の間に、DNSを移動できるドメインはお名前.comのDNSに移したり、自前の別サーバーのDNSに移す事を実行する
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↓・・・この間に色々怒られたり脅されたりして円形脱毛になる
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8.管理会社から、named.confにrecursion noがあるとマズイので消すように言われる。消しました（元の設定に戻した）。
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9.どうしてもDNSを移動できないドメイン（管理権限がない）以外は全てDNS移行が完了（サイトの接続も確認）。
ただし、その唯一残ったドメインのサイトは完全に閲覧不可能に陥る。
SSHとFTPは接続しづらいものの、何度かリトライすると接続出来る（IP接続）。
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長文すいません。続きます。