auto muteをオフできないんじゃなくてSPDIFでならせないんでは？
アナログでならせるならPulseAudioのプロファイルが違うとか
alsaでSPDIFが切ってあるかとかあるだろうけど

alsactl init
はドライバの初期化だな
alsa-baseを入れ直してalsactl initとか