リカバリーレコードみたいな少し容量は増えるけど数%の破損なら補修できるような
都合のいい機能を標準装備したファイルシステムってないですか？

もしくはツールでそういうことが可能なら教えてください。
ツールの場合は圧縮ファイルのような形式ではなく
rrファイルを外部出力してどんなファイルにも使えるようなものが理想です。