とりあえず『起動する』の一言をとっただけでも
１ 一番目のHDDが内蔵 二番目がUSBHDD
２ 一番目がUSBHDD 二番目のHDDが内蔵
３ 内蔵を外してUSBHDDのみ
４ USBHDDを外して内蔵のみ
のように考慮しなきゃいけないことが増えてるんだが。
状況も理解しないまま適当な事して自分でぐちゃぐちゃにしてるだけじゃん
HDD外すなんて考えうる中で最低のバッドノウハウだよ？

きちんと解決したいなら状況を正確に細かく書いてくれ