「使おうが使うまいが」じゃなくて、具体的に何を以ってソースとするのかって事だよ

そもそも「材料となるファイル」って何よ？
稼働中のシステム自体を固めたisoから、どうやって再現可能な差分を作るの？
まさかシステム全体を一旦gitに上げろとか？