任意のファイル全部をディレクトリ階層を維持したままコピーするには、たとえば↓のようにtarを使う方法があると思います。

$ cd src
$ tree .
.
|-- dir1
| |-- dir2
| | |-- fuga3
| | `-- hoge3
| |-- fuga2
| `-- hoge2
|-- fuga1
`-- hoge1

2 directories, 6 files
$ tar cf tmp.tar **/hoge*
$ mkdir ../dst
$ mv tmp.tar ../dst
$ cd ../dst
$ tar xf tmp.tar
$ rm tmp.tar

しかしこの方法だと処理が複数になる、中間ファイルができる、などの点が不便です。
rsyncなどのコマンド一発でできる他の方法はないでしょうか？
rsyncのオプションで --include 、--exclude というそれらしいのがありますが、何度manを見ても使い方が分からず・・・