ディレクトリ単位に指定できる（リカーシブに）
コピー先のファイルが存在している場合はコピーしない（時間節約のため）で、削除
コピー先のファイルが存在しない場合は移動
のコマンドってないですか

cp -ruv source dest
にsource側の削除機能をつけた感じです