Windowsフォルダはインストールしたドライブに作られる。C:が嫌ならインストール時に別のドライブを選べばいい。
program filesは↑と同じドライブに作られるが、レジストリを弄ると移動できるようだ。推奨されないようだが。

あれ？解決しちゃった？これじゃぁLinux普及しないなｗ