普通のCLIのsshなら~/.ssh/configのCompressionLevelで圧縮レベルを1〜9で設定できるんだが
Puttyにはそれらしい項目はないな．あっても効果があるとはあんまし思えないし．
「X11 forwading speedup」でググってもやっぱり暗号化方法の変更と圧縮ぐらいしか出て来ないな．

あと昔の話だからうろ覚えだけどCygwin/Xはすごく重くて使いものにならなかったけど
Xmingに変えてみたら軽くなったような気がする。そっちも試してみるといいかも。