文字列に変換するんじゃなくてRDBMSならBLOBと呼ばれる形式でバイナリデータ埋め込んだり
NoSQLでもバイナリデータ入れられるデータベースは多いけどね。
俺は逆に大量の画像とかそういうのこそファイルイシステムがやる仕事だと思ってるんだけど。

それはさておきext3ならdir_index付ければ普通はファイル数が多くてもそんなにパフォーマンスが落ちることはないはずだし
最近のファイルシステムならinode枯渇とかしてない限りはファイル多くても大抵は大丈夫なんじゃないかな