「Ubuntu」は3Dグラフィックスの機能とか使って装飾したメニューとかウインドウを持ってる
「Ubuntu2D」は低スペックマシンとかでも同じような操作感を再現してる（一部機能はまだ）

特に違いがわからないのなら「Ubuntu」使った方がいいかも