問題１：アルファベット順になってしまう。
> * PLUGIN_TREEVIEW_SORT_TYPE
> (デフォルト: name)
> o ページの並び順の設定 (name, reading のいずれか)

→ 「名前」か「読み」でしかソートできないんじゃない？
対策としては、以下のどちらかでできると思う。

・名前の先頭に数字を入れる
100 General Setup
200 Enable loadable module support
のようにしておき、途中追加があったら101とかに追加すればいい

・読みに数字を入れる
読みをどうやって設定するのかしらんけど、上記と同様、100〜設定する