5 beta2 ですが Java アプリに日本語入力できないですね
(日本語表示は問題なし)

$ java -version
java version "1.6.0_15"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_15-b03)
Java HotSpot(TM) Client VM (build 14.1-b02, mixed mode)

freemind による確認例
　ttp://sourceforge.jp/projects/freemind/releases/ から freemind-bin-max-0.9.0_RC_4.zip をダウンロード
　/tmp/freemind などで unzip
　bash freemind.sh でアプリは起動するが日本語入力できない