先ほどのアップデートについて、ブログでも記事になってました。
http://www.dingux.com/2009/07/system-and-toolchain-updated.html

・USB接続関連の見直しで、WinXPからのtelnetやFTPが可能になった
　（ただし、FTPで高速ファイル転送を実施後に接続が切れる問題は残っている）
・環境変数 SDL_NOMOUSE=1 はSDLライブラリにてデフォルトで設定されるようにした。
・環境変数 HOMEは、まだ手動で設定する必要がある。
・/usr/local 配下に標準的なディレクトリを自動作成するようにした。

あとタイムゾーン関係でちょっと変更があったようで。

SDLライブラリ方面の変更で、static-compiledなアプリは再コンパイルが必要に
なりそうです。
ここのスレで公開されてるsnes9xはどちらもライブラリを動的に読み込む仕組みの
ようですんで、あんまり関係ないですけども。

# snes9xのファイルサイズが1.8Mから560Kbに激減したのも、ライブラリを練りこんで
# ないからですな。