コンパイル乙と言いたい所だが、ノーマルのSnes9xでもdmenu.cfgで
Executable = “export S9XKEYS=KEY_MENU,306,308,32,304,9,8,13,27 ; ./snes9x -ns -dfr"
とか環境変数指定してやればキーバインド変えられるよ。