Linuxでのファイルの一括処理について質問があります。
コマンドラインでファイルを指定するととある処理をし、
その結果を自ら指定した別ファイルに出力するプログラムが存在するのですが、
そのプログラムに1万個くらいのファイルを一括で処理させたいです。
プログラム自体は複数の処理をする事はできず、1個1個指定してあげないと駄目なのですが、
どのようにすれば一括で処理できるのでしょうか？

そのプログラムは以下のようにコマンドラインで入力をすると動作をします。

プログラム本体　処理をするファイル　処理をしたファイルの出力ファイル