Puppy4.12での話しなので4.2でも通用するか分からないが参考まで。

確かに /root/.jwmrc がメニューデータ。だが、これはpetインストール時に元データ
に基づいて再構築される。つまり、2次データです。だから直接書き換えしても、
次にpetインストール時には手修正した部分は消えてしまうよ。

これらは、Puppyがメニューの生成にxdgという自動生成プログラムを使っている為です。
/etc/xdg 以下に自動生成時に使われるファイル群が置かれてます。

で、メニューデータ /root/.jwmrc を構築する為の元データは何処に有るかというと、
/usr/share/applications/*.desktop に有ります。1ファイル1メニューに対応。
これらは、もともと petの中に含まれていて、petインストール時にここにファイルが置かれ、
メニューが再構築される訳です。

という事で、上記の事を踏まえればpetインストールせずともメニュー登録は可能です。
先ず、/usr/share/applications/*.desktop の参考になりそうなファイルを適当な名前
で複製。それをエディタで開いて各項目を適宜編集・保存。
次にメニューの再構築を実施する為、端末にて fixmenusコマンドを実行。
これで /root/.icewm/menu と /root/.jwmrc が再生成されます。
その後、「メニュー」ー「シャットダウン」ー「JWMを再起動」でOK。