/etc/xdg/autostartか~/.config/autostartにある.desktopファイルから自動起動できる。
たぶん問題は.desktopファイルの中に
OnlyShowIn=GNOME;XFCE;
のような記述があるせいで、これがあるとLXDEで起動されない。
NotShowIn=KDE;
に修正すると、KDE以外で起動するようになる。