作者ですが

>>183,185
crontab の -u オプションでユーザ指定すれば出来そうです。でもセキュリティ的に
問題ありそうなので他に何か良い方法があると良いんですが。

>>199
無効にした設定は重複のチェックをしないようにしてるはずですが最新版を使ってますか？

あと玄箱運用始めて気がついたのですが、2G越えたファイルは玄箱のnfsでは扱えないんですね。
調べたら割と有名な問題みたいでとりあえずsmbmountで誤魔化してます。