MySQLをデフォルトの設定で使用してるのですが、プロセスが異様に
長時間です。これは正常なのでしょうか？
また、これが短くなるよう調整するのは、どのような設定が必要ですか？

topコマンドを叩くと次のようになります。
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
501 mysql 15 0 141m 29m 4180 S 60 0.7 3214:21 mysqld

こちらmysql-5.0.45-7.el5　CentOS 5.2です
ちなみにMTのDBとしてMYSQLを使ってます