みなさんレスありがとうございます。
>>541
>>543
ntpd起動前に
ntpdate ntp.nict.jp
hwclock -w
をしているのですが、状況は変わりませんでした。

>>542
自分も起動後にRTC触らないからバッテリー切れてても
使えると思ってました。今もそう信じていますが。

>>544
10年くらい前の古いノートで、ボタン電池ではないため
なかなか難しいです。でも現役公開HTTP鯖です。

>>548
remote refid st t when poll reach delay offset jitter
==============================================================================
ntp-b3.nict.go. .NICT. 1 u 8 64 7 22.816 299.578 269.434
こうなりました。正常に動いているPCはアドレスの前に*がついています。
BIOSにも表示されるハードウェアクロックはUTCに、
システムクロックをJSTにしています。タイムゾーンはAsia/Tokyo(+9)です。

ntpdは[email protected] Gentooです。
一つ気になるのが、ntpd起動しているときでもntpdateが使えます。