すみません、煮詰まってしまったので詳しいかた教えていただけないでしょうか

bareじゃない二つのリポジトリAとBがあります。
（BはAからのクローンです）

Bで変更を行ってAにPushしたあと、Aでgit statusすると
A上ではBで行った変更の真逆の修正が行われてステージされていることになっています。

これはどうしてでしょうか？

純粋に期待している動作（A上でもBで行った修正がコミット済みになっていて何もステージされていない状態）にするにはどうしたらよいのでしょう？