まあ、侵入するのは外部からだけじゃないから、社内サーバなんかだったら社員とか。
Samba で不必要に / とかを共有していたとか。
HDD の破損の線であることを祈る。

でも、本当に侵入したなら、こんな分かり易い跡を残していってくれたクラッカーに感謝したほうがいいぞ。