だとするとautomount経由でマウントしているのか
仮に内蔵FDだったら/etc/fstabにroot権限で

/dev/fd0 /media/fd vfat user,sync,noauto,uni_xlate 0 0

あたりを追加して保存。
sudo mkdir /media/fd ; mount -a　で強制的にマウントできないかな？
UbuntuがHDDにインストールされていれば自分のユーザ名を/etc/groupに
追加するだけでいいんだけど…

USB接続の奴なら起動した後に認識させてみればいいのでは？