>>6
設定はユーザ毎だからrootでサイドペインが表示されるのは、当たり前。
とりあえず、~/.nautilus/ を削除して、アプリケーション->設定エディタで、
apps->nautilus->preferences を見て、side_panel_view を NautilusTreeSidebar、
sidebar_width を 140程度に設定して、他の値も一応見直してからログインし直せ。

それでダメなら、dpkg-reconfigure nautilus でもやって再ログイン。