ホームディレクトリは原則としてユーザー毎に異なる。
GNOME端末かなにかを開いて

echo $HOME

と打ち込め。それがそのユーザーのホームディレクトリだ。
rootなら大抵は /root のはずだ。

cd
ls -a

とすれば、いろいろなdotファイルがあることに気がつくだろう。
そして、お前が書き込んだ通り

vi ~/.vimrc

とすれば vi 互換の何かでホームディレクトリの .vimrc ファイルを編集できる。