>>982
メニュー自体は ~/.config/menus にある。バックファイルが自動で出来てればそれを戻せばいい。
なければ、/usr/share/app-install/desktop/applications.menu を参考に自分で書き換える。

ちなみにデスクトップやメニューにアイコンとして表示される *.desktop ファイルは
~/.local/share にある。