サーバ管理の勉強だったらRHEL（およびクローン）、Debian
Linuxをもつっこんで依存関係とか各のパッケージのからみとかまで入って
いきたいならLFSだろうな。
LFSの手前はGentooじゃなくってSlackware
LFSとか勉強して、なおかつカスタマイズにこだわりたいならGentooは手頃かも
もちろんいきなりGentooでもいいけど…
以前からGentooを勉強用にすすめるってのは、たぶんGentoo使ったことない人？？