>結局 C2D は 64bit 版 Linux で使うのと
>32bit 版で使うのとどちらが速いの？

環境が許すならx64の方が速いよ
64bitにして「遅くなる」というのは明らかなFUD(嘘、おおげさ、まぎらわしい)

確かに一部に32bit時より処理の遅くなる命令もあるが、
システム全体が受ける恩恵の方が遥かに大きい

しかし、そんな事を聞いてくるようなユーザーにx64環境はまあまだ早いんだろうな
ドライバやアプリケーションの対応状況や
32bit/64bit双方の都合まで考えてシステムを構築・運用することは無理だろうし