>>912=915=916です。
Ubuntu12.04beta1(amd64)のatokx3から記念書き込み。
お陰様でatokx3が動くようになりました。

ia32-libsはtransitional packageなので、ia32-libs-multiarch:i386をインストールすべきなのですが、
これだけではatokx3が動きません。lddでiiimdを調べると、libpam.so.0がnot foundになります。
64bitのlibpamではだめで、32bitのlibpamを別途インストールすると解決しました。

$ sudo apt-get install libpam0g:i386

これでatokx3が使えるようになりました。

ちなみに、gtk.immodulesは下記で動いています。

$ find /usr -name gtk.immodules
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/gtk-2.0/2.10.0/gtk.immodules
/usr/lib/i386-linux-gnu/gtk-2.0/2.10.0/gtk.immodules
$ find /usr -name gtk.immodules -exec tail -3 {} \;
"/usr/lib64/gtk-2.0/immodules/im-iiim.so"
"iiim" "Internet/Intranet Input Method" "iiimgcf" "/usr/share/locale" ""

"/usr/lib64/gtk-2.0/immodules/im-iiim.so"
"iiim" "Internet/Intranet Input Method" "iiimgcf" "/usr/share/locale" ""

このあたりは本当はどうするか分かりませんが、
とりあえずatokx3が使えているのでこのまま放置します。