Ubuntu11.04から、Ubuntu 11.10へのアップグレードが終わりました。
今、Ubuntu11.10 (amd64) からatokx3を使って書き込んでいます。

結論から申し上げると、特に、何もしなくてもそのままatokx3が使えています。
im-iiim.soのビルドは、gtk3を使いたい人向けで、そのまま何もしたくない人はそのまま使えるようです。

なお、嬉しいことに、11.04でATOKパレットがのっぺらぼうだったのが、１１．１０ではちゃんと表示されるようになりました。