yum-fastestmirrorは応答速度が早いミラーを選んでるだけだから転送が遅いところに繋がる可能性もある
けどこれは多分関係なくて

理研とかIIJはパッケージ管理に使われるのが嫌なのか、何か細工がしてある気がする
この２つに繋がると海外のミラーよりも時間がかかったりするから
自分で早いミラー見つけて決め打ちで指定した方がいいんじゃないかな