前スレでconky使うとデスクトップアイコン消えるっていう人いませんでしたか？
俺もUbuntu+KDE+conpiz-fusion+conky環境で同じ症状に悩んでいましたが、gnomeの壁紙をKDE側と同じにして
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=228731
のように設定したら消えなくなりましたよ。