http://old.ubuntulinux.jp/wiki/Partimage/
Partimageというフリーソフトがある。UbuntuのライブCDに入ってるか確認してないけど、
これが入ってるライブCDを使えばルートパーティションでも安全にバックアップ＆リカバリーできる。はず