原因わかりました。
/usr/bin/を見ると1.5のリンクでリンク切れしているファイルがたくさん見つかりました。
こいつらを削除してから、もう一度1.6をインストールしなおして、/usr/bin/にjavaのリンクを作ると
コマンドラインから起動できました。
レスくれた方々ありがとうございました。