原因は無数に考えられるので一度HDDのsmartでチェックすると良い

HDDの装置名を調べる(対象はアンマウントしておく)
#su
#qtparted
現状の確認
#smartctl -a /dev/装置名
自己テスト(長)
#smartctl -t long /dev/装置名
終了予定時刻以降に結果の確認
#smartctl -a /dev/装置名