Windows2000のハードディスクの引っ越しをしようと思い、以下の手順で
引っ越しをしました。

1.新HDDを接続し、旧HDDのWindows2000で起動
2.新HDDに区画を作りNTFSでフォーマット
3.新旧HDDを接続した状態でKNOPPIX 5.1.1をCDブート
4.新HDDに書き込み許可し、新旧NTFSをそれぞれ/new,/oldにマウント
5.cp -rf /old/* /new
6.KNOPPIXをシャットダウンして新HDDからブート

この手順でWindows2000は一応立ち上がったのですが、一部動かなくなった
アプリケーションがあり困っています。また、拡張子と表示されるアイコン
の対応もめちゃくちゃになっています。

それらのエラー情報を見るとショートファイル名を指定してこのファイルや
ディレクトリがない、と言っているものばかりなので、新HDDのファイルの
プロパティを見てみるとショートファイル名が表示されません。
おそらくこの、ショートファイル名がないことが不具合の原因ではないかと
思います。レジストリを見るとショートファイル名の生成は許可されています。

KNOPPIXからNTFS区画の全てのファイルにショートファイル名を生成させる
方法があれば教えてください。