過去ログみれば既に出てる話題かもしれないけど、3Dデスクトップ有効にしてもVLCなら動画見れるね。
ビデオ出力の設定で高度なオプションをオンにしてX11ビデオ出力にしたらいけた。
検索して見たところMPlayerでも大丈夫ならしい。

これでようやく3Dデスクトップを常用できるわ。