miniSDを丸ごとLinux専用にext2/3ってあたりで、いきなりハードル高くなる…(･ω･)
多くの人が簡単に使えるようにするには、基本は全部vfatで準備できないと厳しいですね。

1. /dev/mmcblk0p1を/mnt/sd1に仮mount
2. フォーマットがvfatなら、/mnt/sd1/linux/rootをloopで/、/mnt/sd1/linux/swapをswapとしてchroot
3. それ以外なら/dev/mmcblk0p1を/として、あと適当なswapを確保してchroot

こんな感じなら、miniSD交換無しにスムースにWM→Linux起動・Linux→WM復帰できるかな？
誰か似たようなことやってれば流用させてほしいのですが、どこかにないですかねｗ(･ω･)