動画変換ffmpegのGUIフロントエンドである『WinFF』って
Windows専用だと思ったらLinux版もあるんだね。

http://biggmatt.com/winff/downloads/winff-version-0.33.html

Debian/Ubuntu(deb), RH(rpm)のパケジが用意されていてFedoraでも普通に動いたよ。

コマンド出力を見れるところがあるから、これ使ってテスト調整して
シェルとかでバッチスクリプト組めば楽かもしんない。