こんなのじゃ駄目？

find . -type f -print | xargs md5sum | sort | while read i
do
　set -- $i
　test -e .$1 && rm -i $2
　touch .$1
done

削除して残りが１つなら消さずに次、ということは最初の１つは
無条件で残して、２つ目以降についてのみ rm -i で削除確認すれば
いいんだよね？

記憶用に .<md5sum> なマーカ作ってるけど、ここは md5sum な
ダミー環境変数の方がいいかも。