./configure --prefix=/path/to/install
一般のアプリは今あるライブラリを前提にコンパイルされてるんだから
それまで新しいものを参照するようになったらエラーになるかもしれないからその方がいい。
それが汚れないってことじゃないのか？

opensslをビルドするって言い出したらやめろと言うが
例えばWineやJD、MPlayerとかなら最新が使いたいって需要もあるだろうし、コンパイルオプションも
色々あるから勉強と言う意味でもコンパイルしてみれば？と言うけどな。