>>289
/bin /usr/bin だけ。
X もインストールしてあるなら /usr/X11R6/bin/ も。

それ以外のものは、root みたいな特別なユーザーが必要とするものだったり、
日常的に利用するコマンドや、標準的なコマンドではないものだから
「通すべき」っていうものじゃなくて、「必要に応じて通す」とかっていうものだと思う。

ちゃんとした根拠が欲しいのなら Filesystem Hierarchy Standard で調べてみるといいのかもしれない。

ついでに言うと、root で実行するようなものは、パスを通しておくのではなくて
/sbin/hoge みたいにフルパスで指定したほうがいいと思う。