再現した・・と思います
~/.jdを削除した上で以下の手順を踏みました

1　スレをお気に入りに追加
2　JDを終了→再起動
3　サイドバーで右クリックから「お気に入りから削除する」
4　JDを終了→再起動
5　お気に入りが削除できてない

2を飛ばす（お気に入りに追加した直後にお気に入りを削除する）と、正常に削除できます

・お気に入りに追加するスレが取得済み or 未取得
・お気に入りに追加する方法（右クリック or ドラッグ＆ドロップ）
・1と2の間にお気に入りからスレを開いたかどうか

は関係ないみたいです

[バージョン] SVN Rev.1657
[ディストリ ] Arch
[パッケージ] ソース( JD project )
[ DE／WM ] Xfce
[gtkmm-2.4] 2.12.1
[glibmm-2.4] 2.14.1
[ そ の 他 ]