この話かな。
http://lists.debian.or.jp/debian-users/200704/msg00109.html

update-rc.dはsysvinitとかの一部で、それがPATHから消えるというのは通常ありえない。
ありえないことが起きている以上、何か他にも不整合や異常が発生しているのかもしれない。
完全にシステム状態が理解して潜在的なものも含めて問題が全部解決できる（た）という自信が無い限り、
データをバックアップとって再インストールというのも手かもしれない。