ローカルファイルに保存したdatファイルを見る方法として、その板のキャッシュディレクトリに置いてから、
~/.jd/ext.txtに
> Linux板
> http://pc8.2ch.net/linux/
> linux
とすることになっていますが、任意のディレクトリに置いて、ext.txtで
file:////home/foo/archives/sure1/
のような指定をしたいのですが可能でしょうか?

欲を言えば、外部板としてext.txtに設定するよりも、ディレクトリブラウザから選択できるといいかも。