とりあえず設定ファイルの仕様を変えてみました。
キャッシュディレクトリの指定は環境変数 JD_CACHEで
行います。例えば

JD_CACHE=~/.jdcache ./jd

の様にします。指定が無ければ従来通り ~/.jd を使います。

設定はキャッシュディレクトリの中に jd.conf があればそれを
読み込み、無ければ ~/.jdrc から読み込みます。中身は同じ
です。

設定は jd.conf に保存されますが、互換性を考えて~/.jdrcが
あればそちらにも保存します。無ければ保存しません。