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LFSができたら、まず OpenSSL そして OpenSSH は要ると思います。
あと必須と思えるものは wget くらいでしょうか。
これくらいはないと、非常に不便でしょう。

Apache自体にはあまり依存するものはないはずです。
PHPも、ビルドして動作するだけなら、LFSで十分と思います。
LAMPなサーバを立てるなら、これに加えてMySQLでしょうか。

# 機能強化を狙うと、依存関係地獄に嵌まりますが。