それって結局iselect(iLaunch)と同じだよね
iselectは拡張子との関連付けを前もって定義したファイルから読み取って実行する。
FileLaunchもQtopiaで関連付け(slmime.typesで定義)されたファイルをひらいているのではなく、
/home/QtPalmtop/share/FileLaunch/FileLaunch.confで定義された拡張子と関連するコマンドを元にアプリを起動しているだけです。
FileLaunchで特定の拡張子とアプリを関連付けるqcopメッセージを登録した場合、FileLaunch.confに追加されてるでしょ？

>Qtopia側が自分で持っている関連付け情報から勝手に判断して

シェルスクリプトでslmime.typesから読み取らせるのじゃ駄目なの？