coLinux 以外ではリモートのデスクトップなんか使ったことがなかったので両方試した。

自分で試した限りでは、VNC の方が早かったけど、
画面に圧縮ムラのようなものが出てる上に動きがカクカクしている感じだった。

Cygwin/X はパッと見の画面はすごくきれいだったけど、
全体的にまったりした感じで遅い。

自分的な天秤で Cygwin/X を使ってる。遅いっても我慢できる範囲だし。
でもほとんどの場合は Putty で終了なんだけどね。
どうしても X ってときだけ。